司马迁在《史记》中记载：“江南地卑湿，人早夭。”他还提出这一地区“地广人稀”。司马迁曾经亲自游历过这一地区，所以我们确信秦汉时期的长江流域相当荒凉，而此时中国的人口已经超过5000万，在北方形成了繁华的都市和强大而稳定的权力结构。

公元前221年，大秦帝国控制了整个黄河流域以及大片相邻地区。到汉武帝时，在儒家学说的帮助下，建立了稳定的由官僚、地主和农民组成的帝国结构。农民接受了自己的供奉者的地位，并全心全意地忠于帝王或主人，于是人口在黄河流域迅速扩张。事实上，在公元前3世纪末期稳定的帝国统治和道德基础已经形成，与农业工程技术结合在一起，达到了高度组织化的地步，似乎再没有什么因素能够阻挡华中和华南的快速发展了。

然而直到汉代终结，帝国都没有实现向南方的大拓展。南方温热的气候意味着农作物更长的生长期，丰沛的降水消除了经常威胁北方旱灾，但是江南居然落后于黄土高原的发展步伐，这种现象令人费解。

疾病可能是非常强大的因素。后来出现的历史文献显示，古时的南方气候被认为有害健康，北方曾一度流行专门应对南方疾病的药方册子。据史载，被派往南方做官的人任期短且死亡率高得出奇。疾病阻碍着文明的农村和城市生活迅速拓展，北方人在向南移入更肥沃的农业地区时，遇到了传染病的有力挑战。

长江流域受南海温热气流的影响，降雨丰沛，湿热的环境中比北方滋生出了更多的寄生物。在黄河流域，严冬杀死了那些无法借助冬眠抵御漫长严寒的寄生物；携带有疾病的南来寄生物更难以幸免，它们根本不能适应北方寒冷而干燥的气候条件。秦岭以南的长江流域则不然，那里是寄生物的乐土。

因此，习惯于北方疾病环境的人们在适应南方迥异的疾病方式时面临着可怕的问题。简而言之，来自干冷北方的移民的大量死亡使得南方在人口上无法迅速地发展起来。

中国地图上标识的疾病分布证明，在湿热的南方会罹患更多传染病。许多现代病的地域界线正好处于黄河与长江之间，气候模式的差异表明这样的疾病梯度自古已然。

比如疟疾，尽管这种传染病偶尔也出现在北方，但只是在南方才成为大的健康问题，它可能是早期南扩的主要障碍。只不过中国医学经典通常掩盖了地域的差异性，而以节气来解释发病因素。

另一种蚊子携带的疫病——登革热也影响着南方地区。像疟疾一样，登革热也很早就存在，静等着北方来的没有免疫力的移民自投罗网。热病，包括定期复发的疟疾类热病，中古代的医学著作中占有突出的地位，19世纪的本草学中提出了好几种有效的退烧剂。

血吸虫病也曾经是华南和华中的另一重大卫生问题。它的分布也与气候界线相符。考古发现了一具确定年代为公元前2世纪的尸体，保存完好，可以清晰地分辨出慢性血吸虫病的症状。

正是因为传染病造成的障碍，长江流域自公元前211年就处于中华帝国政治覆盖之下，但直到汉朝消亡以后，这片区域还没有完全入中国社会的有机整体，从而长期落后于北方的发展。